Jeśli będziesz trzymać się ANSI SQL92 , wszystko będzie dobrze.
Brakuje niektórych funkcji SQL92 zarówno w MySQL, jak i SQLite (np. FULL OUTER JOIN). MySQL ma zarówno RIGHT JOIN, jak i LEFT JOIN, SQLite tylko LEFT JOIN. SQLite nie obsługuje ograniczeń KLUCZA OBCEGO, podobnie jak MySQL z tabelami MyISAM. SQLite oczywiście nie ma opcji GRANT/REVOKE, ponieważ system uprawnień jest oparty na uprawnieniach plików systemu operacyjnego.