Edytuj swój plik /etc/mysql/my.cnf i upewnij się, że przydzielono wystarczającą ilość pamięci do puli buforów InnoDB. Jeśli jest to serwer dedykowany, prawdopodobnie możesz wykorzystać do 80% pamięci systemowej.
# Provide a buffer pool for InnoDB - up to 80% of memory for a dedicated database server
innodb_buffer_pool_size=614M
Klucze podstawowe to drzewa B, więc wstawianie zawsze zajmuje czas O (logN), a gdy zabraknie pamięci podręcznej, zaczną się wymieniać jak szalone. Kiedy tak się stanie, prawdopodobnie będziesz chciał podzielić dane, aby przyspieszyć wstawianie. Zobacz http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.1/pl/partycjonowanie.html aby uzyskać więcej informacji na temat partycjonowania.
Powodzenia!