Zakładając, że nie ma problemów z cytowaniem CSV:
$newStr = str_replace( ',', '<br>', $string );
EDYCJA:
Po obejrzeniu Twojego wycofania widzę, że rzeczywiście chcesz zastąpić , z newline znak, taki jak \r , \n lub \r\n :
$newStr = str_replace( ',', "\n", $string );