Twoja obecna technika wydaje się wystarczająco praktyczna. Tylko jedna mała zmiana.
Zamiast czekać na błąd i tworzyć kolumny jedna po drugiej, możesz po prostu wyeksportować schemat, dokonać porównania i znaleźć wszystkie brakujące kolumny we wszystkich tabelach.
W ten sposób byłoby mniej pracy.
Twój interfejs użytkownika będzie w stanie wyeksportować tylko schemat lub poniższy przełącznik na mysqldump będzie przydatny, aby znaleźć wszystkie brakujące kolumny.
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname1 > dbdump1.sql
mysqldump --no-data -uuser -ppassword --database dbname2 > dbdump2.sql
Porównanie dbdump1.sql i dbdump2.sql da ci wszystkie różnice w obu bazach danych.