Zgadzam się z cgwyllie powinieneś napisać webservice, który będzie działał jako API do twojej bazy danych z metodami zwracającymi JSON (lub XML).
Metody webservice można następnie wywołać z projektu PhoneGap (polecam zajrzeć do jquery ajax api http://api.jquery.com/jQuery.ajax/ ).
Po prostu napisałbym usługę internetową w PHP lub innym języku, który znasz.
