Dzięki za wskazówki @symcbean i @gordon-linoff, moje ostatnie zapytanie wygląda tak:
SELECT *
FROM versions WHERE CONCAT(
LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 1), '.', -1), 10, '0'),
LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 2), '.', -1), 10, '0'),
LPAD(SUBSTRING_INDEX(SUBSTRING_INDEX(version_number, '.', 3), '.', -1), 10, '0')
) > CONCAT(LPAD(2,10,'0'), LPAD(1,10,'0'), LPAD(27,10,'0'));
Dzięki temu każdy element może mieć do 10 cyfr.
Przekształca to:
X.XX.XXX > 2.1.27
do tego:
'000000000X00000000XX0000000XXX' > '000000000200000000010000000027'