Aby ustawić wartość początkową dla pola automatycznego przyrostu, możesz użyć polecenia alter table
ALTER TABLE wp_postmeta AUTO_INCREMENT = 1000;
O ile mi wiadomo, nie jest możliwe posiadanie dwóch automatycznie zwiększających się pól na tej samej tabeli w mysql, więc musisz to zrobić programowo sam (np. za pomocą wyzwalacza)