Zapytałeś o to dawno temu, więc może nie jest to już dla ciebie istotne, ale opiszę sposób, w jaki możesz to zrobić, aby przynieść korzyści innym.
W Workbench otwórz właściwości połączenia. Na karcie Połączenie wybierz kartę Zaawansowane. Tam dodaj następujące dwie opcje do sekcji Inne (oczywiście zmień lokalizację readDefaultFile na lokalizację pliku my.ini).
readDefaultFile=C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.7\my.inireadDefaultGroup=klient
Teraz otwieranie połączeń powinno czytać sekcję klienta z tego my.ini zgodnie z wymaganiami.