Odpowiadam sobie ponownie:
Skończyło się na tym, że najpierw użyliśmy socketTimeout określonego dla sterownika MySQL, aby test połączenia nie utknął.
Wygląda na to, że podstawowe połączenia TCP zakończyły się tak, że nie ma odpowiedzi z serwera (TCP ACK lub cokolwiek).
AKTUALIZACJA:Ostateczne rozwiązanie uzyskano dzięki udostępnieniu tcpdump do obsługi AWS, odkryli pewien przypadek w infrastrukturze AWS. Poradzili nam, abyśmy otworzyli efemeryczny zakres portów w grupie bezpieczeństwa naszej instancji EC2. Więcej dyskusji na forum AWS .