W końcu znalazłem jego rozwiązanie. Zapisz plik sh dostępny pod adresem https://gist.github.com/943776 i wykonaj "./mysql2sqlite.sh DBNAME --databases DBNAME -u DB_USERNAME -pDB_PASSWORD | sqlite3 database.sqlite
"(bez cudzysłowów i z "`")w pliku php.Zapisz oba pliki w jednym folderze