Zapomnij o pętli. Po prostu zrób to:
select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a
where a.table_name like 'table_prefix_%';
Następnie weź zestaw wyników i uruchom go jako skrypt SQL.
BTW, prawdopodobnie masz na myśli create index index_name on table_name( column_name);