Rozwiązaliśmy ten problem, po prostu ustawiając useLocalSessionState=true w parametrach połączenia.
Poniższy link wyjaśnia szczegóły zmian związanych z ReadOnly, które nastąpiły w Mysql5.6 i złączu java 5.1.23.http://dev.mysql.com/doc/relnotes/connector-j/en/news-5-1-23.html