Jak połączyć dwa zapytania aktualizacyjne o różnym warunku gdzie?

Możesz użyć wyrażenia CASE w ten sposób:

UPDATE Special_quota 
set Status = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 1 else 0 end,
    additional_msg_quota = CASE WHEN User_ID IN('1','2','3') then 30 else 0 end