Możesz połączyć się z zewnętrzną bazą danych z instancji joomla bez korzystania z bieżących zasobów bazy danych joomla. Spróbuj tego:
<?php
$option = array(); //prevent problems
$option['driver'] = 'mysql';
$option['host'] = 'dbase.host.com';
$option['user'] = 'login';
$option['password'] = 'pwd';
$option['database'] = 'anotherdb';
$db = & JDatabase::getInstance( $option );
?>
Więcej informacji na ten temat znajdziesz w Joomla! Dokumentacja