Możesz rozważyć modyfikację tych właściwości serwera mysql:
nano /etc/mysql/my.cnf
query_cache_size=16M
key_buffer_size=256M
A może nawet spróbuj zwiększyć dopuszczalny czas wykonania zapytania z klienta mysql:
SET GLOBAL MAX_STATEMENT_TIME=1000;
przed wykonaniem zapytania.