nuke_users moduł eksportuje funkcję, która po wywołaniu zwraca Model . Ponieważ nie wywołujesz tej funkcji, nie zwraca ona Model , a zatem funkcja, której szukasz, nie istnieje.
Aby wywołać tę wyeksportowaną funkcję, musisz przekazać sequelize instancja i DataTypes , tak więc:
var User = require('../models/nuke_users')(sequelize, DataTypes);
W twoim przypadku używasz loadera w index.js i eksportuje plik db obiekt, który zawiera modele z kluczami według ich nazwy.
var models = require('../models'); // loads index.js
var User = models.nuke_user; // the model keyed by its name
User.findOne(...); // search the model