Użyj:
INSERT INTO db1.table1
SELECT *
FROM db2.table2 t2
WHERE NOT EXISTS(SELECT NULL
FROM db1.table1 t1
WHERE t1.col = t2.col)
Istnienie jest uproszczone, ale pominięto, jeśli istnieje klucz podstawowy/auto_inkrementacja, o który należy się martwić/itd.