Wynik zapytania MySql przez wszystkie godziny dnia

Możesz użyć COALESCE To polecenie pomaga w przypadku, gdy select zwraca null, zastąpić null taką wartością:

SELECT 
    COALESCE(count(*), 0) as clicks, 
    COALESCE(hour(time), hour(now())) as hour 
FROM 
    clicks 
WHERE DATE(time) = DATE(NOW()) GROUP BY hour

Mam nadzieję, że tego właśnie szukasz.