JDBC nie wykonuje polecenia SHOW DATABASES

To nie jest najlepszy sposób na uzyskanie listy baz danych w JDBC. Oto sposób, w jaki to się robi — przy użyciu MetaData

Class.forName("com.mysql.jdbc.Driver");
Connection con = DriverManager.getConnection("jdbc:mysql://localhost/:3306","root","password");
DatabaseMetaData meta = con.getMetaData();
ResultSet resultSet = meta.getCatalogs();
while (resultSet.next()) {
   String db = resultSet.getString("TABLE_CAT");
   model.addRow(new Object[] {db});
}
resultSet.close();
con.close();

Zobacz też:jak uzyskać listę baz danych "Schema" nazw MySql za pomocą java JDBC