To brzmi trudne. Nie rozumiem, dlaczego 32000 - czy mysql odmawia tworzenia większej liczby baz danych? Jaki błąd otrzymujesz? Wydaje się arbitralne — może jest to zmienna konfiguracyjna, którą można zmienić?
Kilka możliwości. Możesz uruchomić więcej niż jeden serwer mysql , każdy z innym katalogiem danych. Nie sądzę, żeby to pomogło, ale możesz zajrzeć do silnika pamięci NDB, który poradzi sobie z przestrzenie tabel które po prostu mogą pozwolić ci przechowywać dane w wielu lokalizacjach.