Jest to mało prawdopodobne, aby był to problem z konfiguracją nginx.
Prawie na pewno, że backend faktycznie się zawiesza (lub po prostu przerywa połączenie), a nie daje zniekształconą odpowiedź. tzn. komunikat o błędzie mówi, na czym polega problem, ale szukasz w złym miejscu, aby go rozwiązać.
Nie podajesz wystarczającej ilości informacji, aby można było użyć, aby dowiedzieć się, na czym dokładnie polega problem, ale gdybym musiał zgadywać:
Albo gdzieś mija limit czasu, albo zaczyna brakować pamięci.