W migrations/env.py pliku, znajdziesz kod, który jest odpowiedzialny za ten problem.
config.set_main_option('sqlalchemy.url',
current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI'))
Jeśli istnieje % znaki w SQLALCHEMY_DATABASE_URI , spowoduje to błąd.
Możesz rozwiązać ten problem, edytując migrations/env.py pliku i zmieniając obraźliwą linię w następujący sposób
db_url_escaped = current_app.config.get('SQLALCHEMY_DATABASE_URI').replace('%', '%%')
config.set_main_option('sqlalchemy.url', db_url_escaped)
Zobacz także dokumentację set_main_option :