Dobra, nieważne, wiem, jak to zrobić
Select i from Inventory i,Category c INNER JOIN i.product ip INNER JOIN c.products cp where ip = cp and c.id=?
Zastanawiałem się więc, jak powiązać kategorię z połączeniami, znalazłem odpowiedź w sekcji Zapytania polimorficzne w dokumentacji HQL