Nie potrzebujesz klauzul ON w JPA, ponieważ JPA już wie, jak encje są kojarzone dzięki adnotacjom mapującym.
Ponadto wybierasz application , który nie jest aliasem zdefiniowanym w zapytaniu.
A twoje łączenia nie mają sensu.
Zapytanie powinno być po prostu
select application FROM Application a
join a.customer c
join c.users u
where u.id = :userId
Przeczytaj dokumentację Hibernate, aby zrozumieć, jak działa HQL i złączenia.
