Relacja JPA wiele do wielu nie wstawia się do wygenerowanej tabeli

Spróbuj tego:

public class Professor {
  @ManyToMany(cascade = CascadeType.ALL, fetch = FetchType.EAGER)
  @JoinTable(name = "ALUNO_PROFESSOR",
        joinColumns = @JoinColumn(name = "idProfessor", referencedColumnName = "idProfessor"),
        inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "idAluno", referencedColumnName = "idAluno"))
  private List<Aluno> alunoList;
}

public class Aluno {
  @ManyToMany(cascade = CascadeType.ALL, fetch = FetchType.EAGER)
  @JoinTable(name = "ALUNO_PROFESSOR",
        joinColumns = @JoinColumn(name = "idAluno", referencedColumnName = "idAluno"),
        inverseJoinColumns = @JoinColumn(name = "idProfessor", referencedColumnName = "idProfessor"))
  private List<Professor> professorList;
}

Zapewni to, że metadane dla relacji wiele-do-wielu będą dostępne na obu encjach, a operacje po obu stronach relacji będą kaskadowane na drugą stronę.

Proponuję również zamienić FetchType.EAGER z FetchType.LAZY dla lepszej wydajności, ponieważ może to spowodować załadowanie bardzo dużego zestawu danych.