MySQL, PHP:Wybierz * z tabeli, w której id nie jest w tablicy

W przypadku $all to tablica, z której chcesz wyodrębnić niechciane identyfikatory, może to być to, czego potrzebujesz po podanym kodzie:

$ids_to_exclude = array();

// iterate through servers
foreach ($all as $server_id => $dates) {
    // iterate through dates of each server
    foreach ($dates as $date => $id) {
        // If a value is not in the array, add it.
        // In case ids don't repeat, you won't need this if
        if (!in_array($id, $ids_to_exclude)) {
             // add $id to the array
             $ids_to_exclude[] = $id;
        }
    }
}

$sql_condition = "where `id` not in (".implode(",",$ids_to_exclude).")";

Po prostu bądź ostrożny podczas pisania zapytań z konkatenacją ciągów. Przeczytaj o wstrzykiwaniu SQL i jak temu zapobiec. Użyj Przygotowanych wyciągów zamiast czystej konkatenacji.