Flask, nie wszystkie argumenty są konwertowane podczas formatowania ciągu

Po prostu przekształcam mój wcześniejszy komentarz w odpowiedź, ponieważ wydawało się to właściwym rozwiązaniem :-)

Problem pochodzi z innej linii. Masz to:

        x = c.execute("SELECT * FROM users WHERE email = (%s)",
                      (email))

To nie robi tego, co mogłoby się wydawać. Wstawianie email w nawiasach nic nie robi, więc wiersz jest właściwie równoważny z przekazaniem każdego znaku tego, co znajduje się w tej zmiennej na liście znaków. Jeśli zamiast tego zrobisz to:

        x = c.execute("SELECT * FROM users WHERE email = (%s)",
                      (email,))

...wtedy będziesz przekazywać krotkę zawierającą jeden element, email i powinno działać lepiej.