Masz problemy z przekroczeniem limitu czasu i zbyt wiele połączeń. Spróbuj zmniejszyć wait_timeout i być może interactive_timeout.
Nie wiem, czy używasz PDO (zalecane ze wszystkich postów, które tu widziałem), ale spróbuj, aby połączenie MySQL było trwałe, aby nie musiało otwierać nowych połączeń dla każdej aktualizacji.