Nie znam mysql-connector, ale jego zachowanie wydaje się być podobne do MySQLdb pod tym względem. Jeśli to prawda, musisz użyć trochę formatowania ciągu:
sql = """SELECT avg(downloadtime) FROM tb_npp where date(date) = %s
and substring(host,6,3) in ({c})""".format(
c=', '.join(['%s']*len(dc)))
args = ['2013-07-01'] + dc
cursor3.execute(sql, args)