Dokumentacja peewee mówi o tym problemie, oto link:Błąd 2006:serwer MySQL zniknął
Masz więc pewne problemy z zarządzaniem połączeniem z bazą danych.
Ponieważ nie mogę odtworzyć Twojego problemu, czy możesz spróbować tego, zamknij bazę danych w ten sposób:
@app.teardown_appcontext
def close_database(error):
db.close()
Niektóre informacje możesz znaleźć w dokumencie:Krok 3:Połączenia z bazami danych