Nie ma się czym martwić :) Otrzymujesz tę wiadomość, ponieważ ktoś/coś próbowało uzyskać dostęp do serwera MySQL, ale połączenie nie powiodło się. Możesz odtworzyć to zachowanie, próbując połączyć się z MySQL z niewłaściwym użytkownikiem i/lub hasłem i obejrzeć plik dziennika błędów.
W twoim przypadku wygląda na to, że sam /etc/init.d/mysqld próbuje sprawdzić, czy serwer MySQL jest uruchomiony.
TIMEOUT="$STARTTIMEOUT"
while [ $TIMEOUT -gt 0 ]; do
RESPONSE=`/usr/bin/mysqladmin --socket="$socketfile" --user=UNKNOWN_MYSQL_USER ping 2>&1`
Domyślnie w MySQL 5.7 szczegółowość dziennika błędów jest ustawiona na 3 (błędy, ostrzeżenia i uwagi), dlatego widzisz ten komunikat w pliku dziennika błędów.
mysql> show variables like 'log_error_verbosity';
+---------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+---------------------+-------+
| log_error_verbosity | 3 |
+---------------------+-------+