Użyj lsof -i TCP:3306 lub netstat -lp | grep 3306 aby dowiedzieć się, co już nasłuchuje na porcie 3306 - coś musi na tym nasłuchiwać.
Możesz rozważyć uruchomienie serwera na innym porcie (edytuj my.cnf i zmień tam port domyślny).
Być może będziesz musiał uruchomić to jako root, tj. sudo lsof -i TCP:3306
