Znalazłem PDO w wielu sytuacjach/projektach, które są jeszcze szybsze niż bardziej natywne moduły.
Głównie dlatego, że wiele wzorców/bloków konstrukcyjnych w „aplikacji PDO” wymaga mniej kodu opartego na skryptach php, a więcej kodu jest wykonywanego w skompilowanym rozszerzenie i tam jest kara prędkości podczas robienia rzeczy w skrypcie. Proste, syntetyczne testy bez danych i obsługi błędów często nie obejmują tej części, dlatego (między innymi problemami jak np. niedokładności pomiarów) myślę, że „10000x SELECT x FROM foo zajęło 10ms dłużej” wnioski częściej mijają się w sedno.
Nie mogę zapewnić Ci solidnych benchmarków, a wynik zależy od tego, jak otaczająca je aplikacja obsługuje dane, ale nawet testy syntetyczne zwykle pokazują tylko tak znikome różnice, że lepiej poświęcić czas na optymalizację zapytań, serwer MySQL, sieci, ... zamiast martwić się o surową wydajność PDO. Nie mówiąc już o bezpieczeństwie i obsłudze błędów...