Brakuje przecinka w instrukcji SQL między wybranymi polami. Porównujesz znacznik czasu (ciąg) z datą. Musisz rzucić swój ciąg z powrotem do daty.
Zmień to
SELECT Arrival_time TIMEDIFF(Arrival_time,NOW()) as Waiting_Time FROM Time
Do
SELECT Arrival_time, TIMEDIFF(DATETIME(Arrival_time),NOW()) as Waiting_Time FROM Time