MySQL nie jest zbyt dobry w wyszukiwaniu pełnotekstowym i prawdopodobnie chciałbyś użyć innych silników. Moim ulubionym jest Sphinx (http://sphinxsearch.com/ ), ale są też inne. Większość z nich pochodzi z pudełka.
Jeśli masz duże tabele i zamierzasz używać stemplowania, wydajność MySQL będzie prawdopodobnie bardzo słaba.
Jeśli nie możesz użyć Sphinxa, spójrz na ten skrypt php http://tartarus .org/~martin/PorterStemmer/php.txt
Dzięki temu możesz używać tematów i wyszukiwania według tematów.