Wygląda na to, że modyfikujesz zmienną $link wewnątrz pętli foreach, więc dodajesz element1 do $link, przechodzisz przez jego podelementy, wracasz do pierwszej iteracji i dodajesz element2 do zmiennej...
wymień to
$link .= "/".$category['url_nl'];
z
$insidelink = $link . "/".$category['url_nl'];
(i zmień pozostały $link w pętli na $insidelink)
Dodawanie:dotyczy to również $startingLevel. Nie modyfikuj go, użyj +1 w tekście:
echo "<li>".$start." - ".$startingLevel +1.
"<a href='$link'>{$category['menu_nl']}</a> ($link)</li>\n";