Osobista opinia:Nie powinieneś używać MyISAM do niczego nowego. InnoDB obsługuje mnóstwo funkcji, których MyISAM nie obsługuje, z których najważniejsze to transakcje, a następnie integralność referencyjna i wiele innych elementów.
Wiele osób będzie próbowało argumentować, że MyISAM jest szybszy, a więc nadal ma swoje miejsce, ale a) ta luka znacznie się zmniejszyła, a przyspieszenia można wykonać poza bazą danych (tj. memcached, itp.) oraz b) szybka baza danych ze złymi danymi nie jest aż tak przydatne.