Myślę, że tego chcesz:
SELECT date(time),
count(distinct userid) / cd.cnt
FROM activity_entries ae join
(select count(distinct userid) as cnt
from activity_entries) cd
GROUP BY date(time);
Wykorzystuje podzapytanie do obliczenia łącznej liczby odrębnych użytkowników w tabeli, a następnie dzieli liczbę użytkowników każdego dnia, aby uzyskać proporcję.