Przykro mi to mówić, ale to nie jest użycie AUTO_INCREMENT.
Jeśli chcesz ponownie użyć identyfikatorów, musisz napisać własne funkcje wyzwalające, a robienie tego jest ogólnie uważane za złą praktykę.
Wyobraź sobie, że jesteś na id 50 000 i usunąłeś wpis o id 1... czy naprawdę chciałbyś, aby następny dodany rekord został ponownie wykorzystany id 1?