Najprawdopodobniej dzieje się tak, ponieważ pula aplikacji, w której działa aplikacja MVC, ma tryb potoku ustawiony na zintegrowany. Jeśli ustawisz na klasyczny, powinno działać dobrze. Oto kilka wyjaśnień, dyskusji i linków:
HttpContext.Current .User jest pusty, mimo że uwierzytelnianie Windows jest włączone