Usuń ukośniki w zapytaniu mysql węzła js

Nie powinieneś sam dodawać cudzysłowów wokół ? symbol zastępczy. Usuń je.

Powinieneś także przekazać tablicę, a nie ciąg. Zakładając, że jest to czysty ciąg, możesz po prostu użyć split .

connection.query(
      "delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
      " and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
      function (err, rows) {