Myślę, że chcesz:
INSERT INTO Contacts (id,group_id,company_id,email,name)
SELECT co.id,co.group_id,co.id,co.email,co.name
FROM company co
LEFT JOIN contacts c ON co.id = c.company_id
WHERE c.company_id IS NULL
Spowoduje to wstawienie wszystkich informacji z kontaktów w firmie, których jeszcze tam nie było. numer telefonu kolumny pozostanie pusty, ponieważ w kontaktach nie ma żadnych informacji dla tej kolumny.