Chciałbym zaproponować następujący projekt (podobny do twojego):
Przede wszystkim będziemy mieć trzy stoły
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Następnie przygotuj dwie tabele do przechowywania relacji
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId
