To tylko kwestia aktualizacji odpowiedniej kolumny.
W zależności od… szumu… Twojego nastroju (?) możesz spróbować:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Lub
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Lub
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);