Czy spaceite/mysql obsługuje punkt 3D?

Tak, Spatialite obsługuje geometrie 3D (właściwie geometrie 2.5D).

Dlaczego to nie działa, prawdopodobnie kolumna geometrii nie jest zdefiniowana jako XYZ . Możesz sprawdzić metadane geometrii za pomocą zapytania:

SELECT * FROM geometry_columns;