Dwie opcje do rozważenia:
1) najłatwiej jest umieścić wiele wierszy wartości na jednej wstawce. Jest to o wiele szybsze niż robienie wielu wstawek.
Wstawka wykonania INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals )
, zrób coś takiego jak INSERT INTO tbl ( cols ) VALUES ( vals ), ( vals ), ( vals )
Ilość wierszy, które możesz wstawić za jednym razem, zależy od maksymalnego rozmiaru pakietu serwera mysql, ale prawdopodobnie możesz bezpiecznie wykonać 100, 1000, może 10000 wierszy i powinno to zapewnić wzrost wydajności o rząd wielkości lub więcej.
Zobacz http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.5/en/insert-speed.html
2) WCZYTAJ PLIK DANYCH jest nieco inny, wymaga więcej pracy i ma swoje własne wymagania, ale jest bardzo szybki.