Perl dbi preparat podaje zły cytat

Po prostu robi to, o co prosiłeś. Po podaniu ciągu ? jest odpowiednikiem literału napisowego. Więc

SELECT * FROM Table WHERE field = ?

oznacza

SELECT * FROM Table WHERE field = 'test'

i

SELECT * FROM ?

oznacza

SELECT * FROM 'test'

Musisz użyć

$dbh->prepare("
   CREATE TABLE IF NOT EXISTS ".( $dbh->quote_identifier('test') )." (
             `id` bigint(100) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT
          )
");