Php Mysql NOT IN tablica wpływa tylko na pierwszy wynik tablicy

Nie potrzebujesz cytatu tutaj:

WHERE id NOT IN('".$exclude."')
                ^            ^

Możesz również osiągnąć ten sam wynik w jednym zapytaniu:

SELECT 
  id, 
  firstName, 
  lastName 
FROM members 
WHERE id NOT IN
  (SELECT 
     member_id 
   FROM appointments 
   WHERE joint_id = '$jointid')