Jeśli dobrze rozumiem, chcesz znaleźć zamówienie, w którym jedna linia zamówienia spełnia warunek (referencja ="F40"), a inna linia zamówienia spełnia inny warunek (opis ="Epee").
Wykonanie pojedynczego sprzężenia nie rozwiąże tego, ponieważ będziesz szukać jednej linii zamówienia, która spełnia oba warunki. Zamiast tego powinieneś zrobić coś takiego:
SELECT orderNumber FROM `order`
WHERE id IN (
SELECT orderid FROM orderDetail od1
INNER JOIN orderDetail od2
USING (orderid)
WHERE od1.reference = 'F40' AND od2.description = "Epee"
)