Cóż, nie powinieneś robić grupowania według, ponieważ nie wybierasz niczego poza polami zagregowanymi. Nie jestem ekspertem mysql, ale to powinno działać:
SELECT count(d.id) as count, sum(d.url_count) as total from domains as d
inner join backlinks as b
on b.domain_id = d.id
Where d.Link_found = 1 and b. is_homepage = 1